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细菌基因组（草图）测序
细菌基因组草图基于Illumina二代测序，或者基于PacBio/Oxford Nanopore三代测序平台，实现基因组的组装，获得全面丰富的基因组信息，从而可在致病性、耐药性、环境适应性、代谢途径等多角度进行功能基因的深入挖掘，对微生物不同表型等特性进行深层次研究。
- 基因功能研究：预测重要基因和蛋白研究功能与机制，寻找关键功能基因；
- 进化分析：研究细菌种内进化关系，研究细菌进化遗传机制；
- 病原菌研究：鉴定病原菌致病机制，研究致病细菌致病机制，开发研究抗生素、疫苗、药物。
典型宏基因组数据分析流程如下图所示：（可以根据实际项目需要定制专门的分析流程）
使用diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库，得到样品的物种组成和相对丰度信息。
在注释时，使用CARD数据库中的工具软件rgi将非冗余基因的蛋白序列分别数据库进行比对，找出比对上的数据库中对应序列，并得到对应的抗性基因和抗性相关信息。
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种分析和简化数据集的技术，通过将方差进行分解，将多组数据的差异反映在二维坐标图上，坐标轴取能够最大反映方差 的两个特征值。通过分析不同样品物种组成可以反映样品间的差异和距离。PCA图上两个样品距离越近，则表示这两个样品中物种的组成越相似。使用R语言工具分别绘制不同分类水平PCA分析图
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