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群体进化
群体进化研究是指通过全基因组重测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息，通 过与参考基因组比对，得到大量高准确性的SNP、InDel、SV、CNV等变异信息，然后基于群 体变异信息，讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生 物学问题，从而从分子层面深入研究该物种的进化历程。
基于全基因组重测序的群体进化研究，能够有效地挖掘出群体内的遗传变异，可用来追溯群体的进化过程，挖掘进化基因，已广泛 应用于许多物种的人工驯化机制研究、自然选择机制分析和种群历史研究。具有重要的科学理论和实践应用价值。
典型宏基因组数据分析流程如下图所示：（可以根据实际项目需要定制专门的分析流程）
使用diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库，得到样品的物种组成和相对丰度信息。
在注释时，使用CARD数据库中的工具软件rgi将非冗余基因的蛋白序列分别数据库进行比对，找出比对上的数据库中对应序列，并得到对应的抗性基因和抗性相关信息。
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种分析和简化数据集的技术，通过将方差进行分解，将多组数据的差异反映在二维坐标图上，坐标轴取能够最大反映方差 的两个特征值。通过分析不同样品物种组成可以反映样品间的差异和距离。PCA图上两个样品距离越近，则表示这两个样品中物种的组成越相似。使用R语言工具分别绘制不同分类水平PCA分析图
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