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全长转录组测序
全长转录组是基于Pacbio平台或Nanopore平台进行测序获得物种转录组信息的方法，其可以获得mRNA全长序列，克服转录本拼接短、信息不完整的难题，实现可变剪切及融合基因等结构变异的研究。
- 完善基因组/转录组信息：复杂基因结构，转录本结构和功能分析；
- 差异/动态转录组：胁迫处理或不同时序转录组变化，动植物驯化机制。近缘物种间亲缘关系，mRNA序列差异；
- 融合现象解析：融合基因的癌症致病机理；
- 复杂基因转录本研究：疾病或癌症相关基因的复杂剪切形式。
典型宏基因组数据分析流程如下图所示：（可以根据实际项目需要定制专门的分析流程）
使用diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库，得到样品的物种组成和相对丰度信息。
在注释时，使用CARD数据库中的工具软件rgi将非冗余基因的蛋白序列分别数据库进行比对，找出比对上的数据库中对应序列，并得到对应的抗性基因和抗性相关信息。
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种分析和简化数据集的技术，通过将方差进行分解，将多组数据的差异反映在二维坐标图上，坐标轴取能够最大反映方差 的两个特征值。通过分析不同样品物种组成可以反映样品间的差异和距离。PCA图上两个样品距离越近，则表示这两个样品中物种的组成越相似。使用R语言工具分别绘制不同分类水平PCA分析图
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