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宏基因组测序
宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。
- 人体或动物微生态及其与疾病关联： 如肠道菌群，皮肤菌群，口腔菌群，肥胖、糖尿病、癌症等患者肠道微生物；
- 自然环境微生态：如作物根系或受污染等土壤微生物，海洋、冰川、污水等水体微生物；
- 工业环境微生态： 如食品发酵液、酸性工业废水、污泥处理器等微生物多样性，以及产甲烷菌、硝化 / 反硝化细菌的功能基因研究。
典型宏基因组数据分析流程如下图所示：（可以根据实际项目需要定制专门的分析流程）
使用diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库，得到样品的物种组成和相对丰度信息。
在注释时，使用CARD数据库中的工具软件rgi将非冗余基因的蛋白序列分别数据库进行比对，找出比对上的数据库中对应序列，并得到对应的抗性基因和抗性相关信息。
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种分析和简化数据集的技术，通过将方差进行分解，将多组数据的差异反映在二维坐标图上，坐标轴取能够最大反映方差 的两个特征值。通过分析不同样品物种组成可以反映样品间的差异和距离。PCA图上两个样品距离越近，则表示这两个样品中物种的组成越相似。使用R语言工具分别绘制不同分类水平PCA分析图
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