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细菌基因组重测序
微生物种类繁多，菌株的分化速度快，微生物基因组重测序是一个经济快速的方法，对大范围内的海量菌株进行测序研究，了解菌株间的变异信息。 重测序是基于小片段文库的高通量测序数据，通过与近缘参考基因组进行比对，从而进行变异检测的方法。 可以检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SVCNV等变异信息，以精准快捷为特点，系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。
- 基因功能研究：在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点，有助于快速发现与细菌/真菌重要性状相关的遗传变异及功能基因；
- 进化分析：在对大规模样本的分析过程中，结合进化学研究，可以帮助获取细菌/真菌进化史、传播规律等信息；
- 病原菌研究：鉴定病原菌致病机制，研究致病细菌致病机制，开发研究抗生素、疫苗、药物。如病原真菌的致病因子信息。
典型宏基因组数据分析流程如下图所示：（可以根据实际项目需要定制专门的分析流程）
使用diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库，得到样品的物种组成和相对丰度信息。
在注释时，使用CARD数据库中的工具软件rgi将非冗余基因的蛋白序列分别数据库进行比对，找出比对上的数据库中对应序列，并得到对应的抗性基因和抗性相关信息。
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种分析和简化数据集的技术，通过将方差进行分解，将多组数据的差异反映在二维坐标图上，坐标轴取能够最大反映方差 的两个特征值。通过分析不同样品物种组成可以反映样品间的差异和距离。PCA图上两个样品距离越近，则表示这两个样品中物种的组成越相似。使用R语言工具分别绘制不同分类水平PCA分析图
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