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转录组测序
真核有参转录组测序（RNA-seq）采用Illumina测序平台，对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序，与参考基因组比对，既可全面快速分析mRNA序列和丰度信息、又可对基因结构和产生的新转录本进行分析。
- 生长发育研究： 分析发育过程或生长过程时空特异性表达的基因集，描述生长图谱；
- 性状或环境差异研究：寻找研究对象重要性状或表型；研究胁迫环境下的机体响应机制；
- 互作关系研究：通过转录水平寻找到关键调节的基因或者代谢通路，研究宿主与寄主之间相互作用关系。
典型宏基因组数据分析流程如下图所示：（可以根据实际项目需要定制专门的分析流程）
使用diamond软件将质控后的高质量测序数据比对到 nr数据库，得到样品的物种组成和相对丰度信息。
在注释时，使用CARD数据库中的工具软件rgi将非冗余基因的蛋白序列分别数据库进行比对，找出比对上的数据库中对应序列，并得到对应的抗性基因和抗性相关信息。
主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)是一种分析和简化数据集的技术，通过将方差进行分解，将多组数据的差异反映在二维坐标图上，坐标轴取能够最大反映方差 的两个特征值。通过分析不同样品物种组成可以反映样品间的差异和距离。PCA图上两个样品距离越近，则表示这两个样品中物种的组成越相似。使用R语言工具分别绘制不同分类水平PCA分析图
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